公司扣除工資的勞動(dòng)者的權(quán)利保護(hù)方式有：調(diào)解、仲裁和起訴。

公司扣除工資的勞動(dòng)者可以向調(diào)解機(jī)構(gòu)申請調(diào)解。

(一)調(diào)解組織:

有勞動(dòng)爭議的，當(dāng)事人可以向下列調(diào)解機(jī)構(gòu)申請調(diào)解：

(一)企業(yè)勞動(dòng)爭議調(diào)解委員會；

(二)依法設(shè)立的基層人民調(diào)解組織；

(三)在鄉(xiāng)鎮(zhèn)、街道設(shè)立的具有勞動(dòng)爭議調(diào)解功能的組織。

(二)調(diào)解流程:

1、當(dāng)事人可以書面或口頭申請勞動(dòng)爭議調(diào)解。

對于口頭申請，調(diào)解組織應(yīng)當(dāng)記錄申請人的基本情況、申請調(diào)解的爭議事項(xiàng)、理由和時(shí)間。

2、調(diào)解勞動(dòng)爭議時(shí)，應(yīng)充分聽取雙方對事實(shí)和原因的陳述，耐心指導(dǎo)，幫助雙方達(dá)成協(xié)議。

3、經(jīng)調(diào)解達(dá)成協(xié)議的，應(yīng)當(dāng)制定調(diào)解協(xié)議。

調(diào)解協(xié)議由雙方簽字或蓋章，經(jīng)調(diào)解人簽字并加蓋調(diào)解組織印章后生效，對雙方具有約束力，由雙方履行。

自勞動(dòng)爭議調(diào)解組織收到調(diào)解申請之日起十五日內(nèi)未達(dá)成調(diào)解協(xié)議的，當(dāng)事人可以依法申請仲裁。

4、一方在協(xié)議約定期限內(nèi)不履行調(diào)解協(xié)議的，另一方可以依法申請仲裁。

5、因拖欠勞動(dòng)報(bào)酬、工傷醫(yī)療費(fèi)用、經(jīng)濟(jì)補(bǔ)償或者賠償而達(dá)成調(diào)解協(xié)議的，用人單位在協(xié)議約定的期限內(nèi)不履行的，勞動(dòng)者可以依法向人民法院申請支付令。人民法院應(yīng)當(dāng)依法發(fā)出支付令。

二、不愿調(diào)解、調(diào)解不成或者達(dá)成調(diào)解協(xié)議后不履行的，可以向勞動(dòng)爭議仲裁委員會申請仲裁。

勞動(dòng)仲裁申請程序：

(一)申請和受理

1、申請仲裁的，應(yīng)當(dāng)提交書面仲裁申請，并按照被申請人人數(shù)提交副本。

2、勞動(dòng)爭議仲裁委員會認(rèn)為符合受理?xiàng)l件的，應(yīng)當(dāng)自收到仲裁申請之日起五日內(nèi)受理并通知申請人；

認(rèn)為不符合受理?xiàng)l件的，應(yīng)當(dāng)書面通知申請人不予受理，并說明原因。勞動(dòng)爭議仲裁委員會不予受理或者逾期不作出決定的，申請人可以向人民法院提起勞動(dòng)爭議訴訟。

(二)開庭和裁決

1、仲裁庭應(yīng)當(dāng)在開庭前五天書面通知雙方開庭日期和地點(diǎn)。當(dāng)事人有正當(dāng)理由的，可以在開庭前三天要求延期開庭。是否延期，由勞動(dòng)爭議仲裁委員會決定。

2、仲裁庭作出裁決前，應(yīng)當(dāng)先行調(diào)解。

仲裁庭達(dá)成調(diào)解協(xié)議的，應(yīng)當(dāng)出具調(diào)解書。

調(diào)解書應(yīng)當(dāng)說明仲裁請求和當(dāng)事人協(xié)議的結(jié)果。調(diào)解書由仲裁員簽字，并加蓋勞動(dòng)爭議仲裁委員會印章，送達(dá)雙方。調(diào)解書經(jīng)雙方簽字后，具有法律效力。

調(diào)解不成或者調(diào)解書送達(dá)前，仲裁庭應(yīng)當(dāng)及時(shí)作出裁決。

3、仲裁庭裁決勞動(dòng)爭議案件，應(yīng)當(dāng)自勞動(dòng)爭議仲裁委員會受理仲裁申請之日起45日內(nèi)結(jié)束。案件復(fù)雜需要延期的，經(jīng)勞動(dòng)爭議仲裁委員會主任批準(zhǔn)，可以延期并書面通知當(dāng)事人，但延期期限不得超過15天。逾期不作出仲裁裁決的，當(dāng)事人可以向人民法院提起勞動(dòng)爭議訴訟。

4、當(dāng)事人對《勞動(dòng)爭議調(diào)解仲裁法》第四十七條規(guī)定以外的其他勞動(dòng)爭議案件的仲裁裁決不服的，可以自收到仲裁裁決之日起十五日內(nèi)向人民法院提起訴訟；期滿不起訴的，裁決具有法律效力。

5、除《勞動(dòng)爭議調(diào)解仲裁法》另有規(guī)定外，追索勞動(dòng)報(bào)酬不超過當(dāng)?shù)卦伦畹凸べY標(biāo)準(zhǔn)12個(gè)月的爭議，仲裁裁決為最終裁決，自作出之日起具有法律效力。

當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)在規(guī)定的期限內(nèi)履行具有法律效力的調(diào)解書和裁決。一方逾期不履行的，另一方可以依照《民事訴訟法》的有關(guān)規(guī)定向人民法院申請執(zhí)行。受理申請的人民法院應(yīng)當(dāng)依法執(zhí)行。

三、對仲裁裁決不服的，除勞動(dòng)爭議調(diào)解仲裁法另有規(guī)定外，可以向人民法院提起訴訟。

勞動(dòng)仲裁是解決勞動(dòng)爭議的前提程序，必須先進(jìn)行勞動(dòng)仲裁。對仲裁結(jié)果不滿意的，除《勞動(dòng)爭議調(diào)解仲裁法》另有規(guī)定外，可以向人民法院提起訴訟。

起訴應(yīng)當(dāng)向人民法院提交起訴狀，并根據(jù)被告人數(shù)提出副本。

起訴必須符合下列條件：

1、原告是與本案有直接利益關(guān)系的公民、法人和其他組織；

2、有明確的被告；

3、具體的訴訟請求、事實(shí)和理由；

4、屬于人民法院受理民事訴訟和受訴人民法院管轄的范圍。

符合起訴條件的，應(yīng)當(dāng)在七日內(nèi)立案，并通知當(dāng)事人；不符合起訴條件的，應(yīng)當(dāng)在七日內(nèi)作出裁決，不予受理；原告不接受裁決的，可以提起上訴。

起訴公司罰款的程序如下：

1、在確定管轄權(quán)法院之前，首先要確定的問題是起訴哪個(gè)法院。原告可以在被告居住地人民法院提起訴訟。被告居住地與經(jīng)常居住地不一致的，應(yīng)當(dāng)向經(jīng)常居住地人民法院提起訴訟。

2、民事訴狀應(yīng)當(dāng)包括以下內(nèi)容：

（1）原告和被告的基本情況。如果原告知道被告下落不明，應(yīng)在投訴中注明情況，并盡可能提供被告的信息和原戶籍；

（2）訴訟請求的內(nèi)容應(yīng)具體明確。如果是付款，則應(yīng)說明類型和數(shù)量；如果是付款，則應(yīng)說明為什么或不是為什么；

(三)事實(shí)和理由是民事訴訟原告對其訴訟請求的證據(jù)和支持；

(4)簽名和時(shí)間由原告簽字或蓋章，簽字時(shí)間。

3、整理勞動(dòng)合同、罰款記錄等證據(jù)。

4、立案，即向管轄地所在地法院提交起訴狀并提供證據(jù)。

5、支付費(fèi)用，當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)自收到受理通知之日起七日內(nèi)提前支付案件受理費(fèi)和其他訴訟費(fèi)用。

6、等待審理判決，立案手續(xù)后，案件由法院安排開庭，當(dāng)事人應(yīng)當(dāng)服從法院的工作安排。

7、申請強(qiáng)制執(zhí)行。判決生效后，如果對方在判決確定的履行期限屆滿后仍未將所有款項(xiàng)全部給予您，您可以向法院申請強(qiáng)制執(zhí)行。

《勞動(dòng)合同法》第七十七條

勞動(dòng)者合法權(quán)益受到侵害的，有權(quán)要求有關(guān)部門依法處理，或者依法申請仲裁、提起訴訟。